SMK Muhammadiyah Kutowinangun didirikan oleh Pimpinan Cabang Muhammadiyah Kutowinangun di bawah naungan Pimpinan Pusat Muhammadiyah pada tahun 1995 melalui surat persetujuan pendirian/penyelenggaraan sekolah swasta No. 506/I.03/I/1995.
SMK Muhammadiyah Kutowinangun mulai menerima siswa baru untuk pertama kalinya pada tahun pelajaran 1995/1996 dengan jumlah rombongan belajar 4, masing-masing jurusan Otomotif 2 kelas dan jurusan Audio Video 2 kelas.
